为了抢夺地球，新的敌人以及谜之巨大怪物体从宇宙出现。

　　超进化研究所秘密开发的 ` 新干线战士ALFA-X ` 是掌握着一切的关键！

　　由于突然出现的敌人强大攻击导致父亲北斗失踪了，隼人变得坐立不安。

　　此时，出现在他面前，竟是穿越时空而来的 ` 9岁北斗 `。

　　隼人为了守护地球，少年北斗想返回自己原本的世界，两人找上最新技术 ` 新干线战士ALFA-X ` 的驾驶员，并集合北海道支部、山形支部、大宫支部、名古屋支部、京都支部、门司支部的“新干线战队”对抗宇宙最强的敌人！

　　新干线战队能否维护日本的和平安全？隼人和父亲北斗能否再会？ 少年北斗是否能平安回到原本的世界？