在地势险峻的山谷腹地，勇猛果敢的宝可梦凯路迪欧（中川翔子 配音）追随传说中的圣剑士勾帕路翁（山寺宏一 配音）、代拉基翁（安元洋贵 配音）、毕力吉翁（本田贵子 配音）修行，朝着圣剑士的目标持续努力。自不量力的凯路迪欧不听三位老师的忠告，贸然向龙系最强的宝可梦酋雷姆（高桥克实 饰）发起挑战。及至交手时才发现自己远远不是酋雷姆的对手。关键时刻，三位圣剑士出现，为拯救弟子而甘愿牺牲自己。伤痕累累的凯路迪欧落荒而逃，恰巧遇见正在旅行中的小智（松本梨香 配音）、天桐（宫野真守 配音）和艾莉丝（悠木碧 配音）一行，而愤怒的酋雷姆也尾随而至。新的战斗意外拉开序幕……
　　本片为小学馆创立90周年的纪念之作。