《魔法禁书目录剧场版恩底弥翁的奇迹》是2013年由锦织博导演，上条当麻等主演的电影。
在学园都市制作的宇宙升降机“恩底弥翁”完成在即之时，上条当麻和茵蒂克丝与拥有“奇迹”的歌声的少女鸣护阿丽莎相遇，然而阿丽莎却会引发魔法世界和科学世界之间的战争，故事也由此展开。